Durante estes 30 anos, várias mudanças foram feitas no organograma do HUPE, sendo o Serviço de Laboratórios finalmente criado em 1995 pela re-estruturação organizacional dos diversos Laboratórios do HUPE vinculados às disciplinas do então Departamento de Patologia e Laboratórios da FCM e atualmente é constituído pelos  setores abaixo relacionados com o propósito de realizar exames complementares de apoio ao diagnóstico clínico. 

• Laboratório de Anatomia Patológica
• Laboratório Central e de Urgências
• Laboratório de Bacteriologia Clínica
• Laboratório de Imunologia
• Laboratório de Parasitologia
• Laboratório de Diagnóstico em Biologia Molecular
• Laboratório de Medicina Nuclear  e Imagem Molecular

O Serviço de Laboratórios do HUPE está subordinado administrativamente à Coordenadoria de Serviços Técnicos do HUPE e tecnicamente seus setores respondem aos respectivos Departamentos da Faculdade de Ciências Médicas. É uma unidade institucional do HUPE que visa atender às solicitações de exames do corpo clínico dentro das normas de qualidade exigidas pela Vigilância Sanitária e Secretaria de Estado de Saúde e Defesa Civil.